Nel cuore dell'antico castello di Costano è inglobato da secoli il piccolo Santuario del SS. Crocifisso, da sempre punto di riferimento spirituale e storico della comunità costanese. S'ignora la data ed il periodo in cui venne costruita la chiesetta e non si hanno documenti se non molto tardivi rispetto a quello che dovrebbe essere il tempo in cui l'oratorio venne edificato.
La struttura antica dell'edificio, ma soprattutto la presenza in esso di un affresco quattrocentesco che già campeggiava nella parete di fondo e che poi strappato a motivo della forte umidità è stato ricollocato nello stesso posto, inducono a credere con buone ragioni che l'edificio in questione debba essere stato costruito verso la fine del 1300, se non addirittura assai prima.
Questo fu per secoli il luogo di culto più frequentato dai costanesi ed è rimasto poi il punto di riferimento spirituale in ogni difficile e gioiosa circostanza. Oggi esso si presenta affacciandosi sulla piazza del paese con una graziosa facciata a tre corpi, con lesene, portale e cuspide centrale in cotto, alla cui sommità svetta un agile campanile a vela, l'unico di Costano.
L'interno si presenta con due corpi murati ben distinti e con due ingressi, il primo prospiciente sulla piazza del paese, il secondo invece dalla parte interna del vecchio castello.
All'ingresso della chiesetta vi è un piccolo atrio con volta a botte, detto anche torre campanaria. È qui, che splende nella parete, un affresco strappato del 1400, una soave e vigorosa Madonna con il Bambino in braccio. Qui negli ultimi restauri è stato murato in basso un cippo funerario del III secolo avanti Cristo, ritrovato nella campagna di Costano e che costituisce la prima memoria di un insediamento nell'attuale paese.
Il secondo corpo dell'edificio invece, è l'oratorio vero e proprio. Nella parete di fondo, campeggia il preziosissimo Crocifisso della scuola di Nicolò di Liberatore da Foligno detto l'Alunno. Dal volto del Cristo di intensa bellezza e reclinato delicatamente sul petto, sta fuggendo la vita. Attorno al Cristo morente gli angeli ne raccolgono in coppe il sangue prezioso che sgorga copioso. A lato del Crocefisso è S. Rocco, uno dei santi più venerati del tempo.
Si intravedono inoltre due figure di Santi: S. Bernardino da Siena che predicò senz'altro a Costano e S. Antonio abate. La bellissima mensa monolitica dell'altare, che poggia su un cippo, nel piccolo presbiterio rialzato con coro ligneo è indicata, da tempo immemorabile, come la pietra che sarebbe stata legata al collo di S. Rufino al momento del martirio glorioso, ma è tuttavia da credere che essa sia stata la pietra tombale del santo o perlomeno parte del sepolcro ove il martire fu custodito sino alla fine dell'ottavo secolo, allorché le sue venerate spoglie furono traslate da Costano alla città di Assisi.
Recentemente il piccolo oratorio è stato arricchito di una splendida soffittatura in legno a cassettone con rose, borchie e listelli dorati di notevole bellezza, dovuto alla mano esperta dell'artigiano locale Mario Manini.
All'interno del piccolo Santuario inoltre, dopo il restauro conclusosi nella primavera del 1990, sono stati collocati quattro dipinti del 1600 e del 1700 di piccole dimensioni: una bellissima tela della Vergine Addolorata su sfondo azzurro, un Cristo coronato di spine della scuola di Guido Reni, un bel Sacro Cuore di Gesù ed una Sacra Famiglia.

La Chiesa parrocchiale di Costano sorge nella piazza principale del paese; a pochi metri dall'antico castello. Qui anticamente era un vecchio oratorio sorto quasi sicuramente attorno ad una edicola molto antica, oggi inglobata nella chiesa.
Una cinquantina di anni fa nella chiesa fu rimossa la tela del primo altare di destra, con gradita sorpresa, si scoprì un'antico affresco del 1400: una vigorosa immagine della Madonna, di squisita fattura. Questa immagine, era senz'altro quella che ornava la vecchia edicola. Il dipinto venne strappato e poi collocato all'ingresso della chiesetta del SS.mo Crocifisso.
Fu il vescovo Ludovico Giustiniani nell'anno 1680, a trasferire l'antica sede della parrocchia di Costano dalla campagna, a sud, verso Bettona, ove allora sorgeva la chiesa parrocchiale, alle porte del vecchio castello.
I lavori di ampliamento attorno all'originario piccolo edificio preesistente, si protrassero a lungo e completata la chiesa, essa venne dedicata alla Madonna delle Grazie. Nel 1794 essa venne ulteriormente ampliata e portata alle attuali dimensioni. Fu riccamente decorata, secondo il particolare gusto dell'epoca ed ornata con stucchi e tele di singolare bellezza, e venne dedicata a S. Giuseppe, che da allora è il Patrono di Costano.
All'interno della chiesa, nella splendida macchina dell'altare maggiore troviamo una bella pala del secolo XVII, di autore ignoto. Essa rappresenta la Sacra Famiglia con i santi Vincenzo Ferreri, Antonio di Padova e Rufino vescovo di Assisi, che subì il martirio a Costano. I medaglioni al di sopra dei portali, a lato dell'altare maggiore, che rappresentano i santi martiri Lucia di Siracusa e Biagio vescovo, sono ambedue del 1700 di autore ignoto. Il tabernacolo dorato è una opera finissima di squisita fattura del 1700 proveniente da una bottega artigianale locale.
Nel primo altare di destra è una tela della Madonna del Carmine che consegna lo scapolare a S. Simone Stock. Ne è autore Pietro Angeloni, pittore romano (1786). Nel secondo altare di destra, è una pregevolissima e vigorosa statua cinquecentesca di S. Antonio Abate. Ancora nel lato destro del presbiterio una preziosa tela datata 1653 rappresenta S. Rufino martire, sullo sfondo è il castello di Costano ed una scena del lavoro dei campi.
Sul primo altare di sinistra, splende una pregevolissima pala d'altare del tardo seicento. Vi domina il Cristo crocifisso con ai lati i Santi Francesco di Assisi in adorazione ed il piccolo martire romano S. Quirico. Nel secondo altare di sinistra poi campeggia una pregevole tela della Madonna del Rosario con i Santi Caterina da Siena e Domenico di Guzman, il fondatore dei Domenicani. La pala, di autore ignoto porta la data 1647. In basso nella pala, l'autore ha dipinto l'antico castello di Costano con il ponte levatoio.
A lato dell'altare maggiore è stato collocato l'organo meccanico di R. Pinchi di Foligno con dieci registri, l'organo è stato arricchito di una splendida antica facciata lignea. La chiesa parrocchiale, che ha conosciuto un lungo e pressoché totale abbandono, è rifiorita in una limpida e particolare bellezza per la fattiva e generosa collaborazione di tutto il paese.
Protagonista singolare di questa straordinaria rinascita, che non finisce più di stupire quanti visitano questo tempio, è stato Bruno Ottaviani da Foligno, in arte Villarello. Egli, con passione grande e con rara competenza, ha risanato le gravi ferite di tutto il tempio, restaurandone con certosina pazienza gli stucchi cadenti e passando poi a marmorizzare le cinque macchine barocche, le nicchie, i medaglioni, i portali, le acquasantiere, raggiungendo con la sua limpida fantasia e creatività ogni angolo, restituendo a tutta la chiesa una davvero rara e singolare bellezza. La chiesa venne riaperta al culto il 3 dicembre del 1983 dal vescovo di Assisi, Nocera e Gualdo Sergio Goretti, che ne consacrò il nuovo altare maggiore durante una solenne celebrazione eucaristica, attorniato dai costanesi entusiasti ed esultanti.
Chi giunge per la strada statale, allo svincolo di S. Maria degli Angeli incontra, alle porte del paese, un minuscolo oratorio, umile e solitario come sperduto nel verde della vasta campagna circostante: è S. Francescuccio o S. Francesco dei Mietitori, com'era chiamato anticamente. La tradizione, suffragata da un documento degli inizi del 1500, addita questa cappellina come il luogo ove S. Francesco, nel mese di giugno di un anno imprecisato, operò un miracolo a favore di alcuni contadini assetati. Si racconta che, in tempo di mietitura, S. Francesco attraversava la pianura in direzione di Costano. Passando nel luogo dove ora è l'oratorio, egli vide alcuni mietitori sdraiati sotto una pianta, grondanti di sudore e stanchissimi. Francesco domandò loro perché stessero là inoperosi; dissero che erano sfiniti per la grande sete. Il Santo allora si inginocchiò sulla terra riarsa, si concentrò raccogliendosi in preghiera, quindi si alzò e con forza percosse la terra con il suo bastone di viandante.
Ai suoi piedi, improvvisamente, scaturì una limpidissima sorgente di acqua fresca. Francesco s'inginocchiò, raccolse l'acqua fra le sue mani, la contemplò come estasiato e bevve; bevvero poi i mietitori che subito, stupiti, gridarono al miracolo. Francesco frattanto aveva già ripreso il suo cammino, per la strada polverosa.
Dopo la canonizzazione del Santo, nel luogo del miracolo venne edificata una chiesetta dedicata a lui con il titolo di S. Francesco dei Mietitori per ricordare il miracolo.
In seguito, a motivo della sua piccolezza, la chiesetta fu chiamata S. Francescuccio.
Qui, per antica tradizione, i pellegrini del Perdono di Assisi, scendevano a dissetarsi raggiungendo talvolta processionalmente il piccolo oratorio e sostandovi in devota preghiera. La chiesetta, ove si celebrava in passato il mese mariano e dove di quando in quando i frati della Porziuncola scendevano a celebrare l'eucaristia, è stata a lungo abbandonata e la fonte, a motivo di alcuni lavori, non da più acqua. Recentemente, la chiesetta è stata restaurata ed è tornata ad essere luogo di culto. Ogni anno vi si celebra la festa di S. Francesco e vi si fa una solenne processione in onore del santo con grande concorso di popolo.